L’Aya Sofya venne costruita a tre navate intorno al 1200 e nel tempo è stata segnata da diversi cambiamenti nella struttura e nell’uso. Nel corso del XIII secolo venne infatti trasformata nell’attuale edificio a cupola e nei primi anni del XVII secolo venne adibita a moschea.
L’interno è interamente affrescato, con numerose scene del Nuovo e del Vecchio Testamento. Questi capolavori di arte bizantina, coperti di intonaco alla fine dell’Ottocento, furono restaurati nel corso degli anni Sessanta e la chiesa venne trasformata in museo.