Quando mercanti baresi, di ritorno da Mira in Asia Minore, giunsero nel 1087 portando con sé le reliquie del santo - poi divenuto patrono della città - si decise di costruire una chiesa, la cui consacrazione avvenne poco più di un secolo dopo, nel 1197. La basilica, considerata uno dei prototipi delle chiese romanico pugliesi, accoglie con una
facciata in pietra calcarea: il liscio prospetto è ripartito da due lesene che partono da altrettante colonne di spoglio ed è coronato da archetti; lo stringono ai lati due torri mozze, e vi si aprono in alto monofore e bifore, in basso tre portali, di cui il mediano è inquadrato da colonne rette da tori. Profonde arcate cieche scandiscono i
fianchi (in quello sinistro, porta dei Leoni*, con archivolto e cornice), dove sono sovrastate da loggette, mentre il
transetto è aperto da bifore.
Interno. Di impianto basilicale, accentra l'attenzione verso la zona presbiteriale, separata dalla navata centrale da tre archi su colonne di derivazione bizantina; tale percezione fu in parte menomata nel '400 dall'aggiunta di tre archi trasversi al principio della navata mediana - impostati su colonne che furono affiancate alle precedenti - e dalla sostituzione delle originarie capriate lignee con il soffitto barocco (seconda metà sec. XVII). Le opere più interessanti sono nel presbiterio: il pavimento data al sec. XII ed è coevo al ciborio* (ritenuto il più antico di questo tipo nella regione) e alla cattedra* del vescovo Elia, precoce esempio di arte romanica pugliese; al tardo '500 risale il retrostante monumento sepolcrale di Bona Sforza. Nell'abside destra, un trittico di Andrea Rico da Candia (sec. XV); nel contermine transetto, ricco altare di S. Nicola, in lamina d'argento sbalzato, del 1684. Nell'abside sinistra, Madonna e santi* di Bartolomeo Vivarini (1476).
La
cripta, sostenuta da 26 colonne con capitelli bizantini e romanici, accoglie sotto l'altare la tomba di S. Nicola, cui si dovrebbe il trasporto della colonna miracolosa posta in angolo a destra.
Il prezioso tesoro della chiesa, che annovera argenti e arredi sacri (spiccano i candelieri del sec. XII donati da Carlo d'Angiò), è custodito nel
Museo della Basilica di S. Nicola, allestito in un ambiente all'inizio della navata destra. Opposto alla basilica è il ricostruito
portico dei Pellegrini (sec. XIII), a cinque arcate sovrastate da monofore.