Inserito nell'ambito di tutela del Parco del Monte Subasio, l'eremo fu costruito sul luogo dove Francesco e i suoi seguaci si ritiravano (si «carceravano») in preghiera, presso una chiesetta circondata da grotte già in età paleocristiana frequentate da eremiti. Nel XIV secolo il carattere eremitico si trasformò in forma cenobitica con la costruzione del convento, che ebbe l'odierna configurazione con l'ampliamento voluto nel '400 da Bernardino da Siena. Interno dell'eremo. Un cortiletto triangolare ha al centro un pozzo da cui l'acqua sarebbe sgorgata, secondo una leggenda, per miracolo di san Francesco. Dal parapetto, bel panorama attraverso una gola del Subasio che si apre sulla pianura spoletina. Di fronte è la chiesa quattrocentesca, che conserva sopra l'altare un affresco di scuola umbro-senese della metà del '400 (Crocifissione); nel cippo dell'altare, altro affresco del '500 con lo stemma dei Monti di Pietà; sulla parete di fondo è una piccola vetrata trecentesca di produzione francese; nella parete di fronte, armadietto a muro contenente ricordi del santo. La piccolissima chiesa primitiva, dedicata a S. Maria delle Carceri, cuore del santuario, è probabilmente una grotta adattata a cappella: all'altare, Madonna col Bambino e S. Francesco, deperito affresco del sec. XVI. Si entra quindi nella grotta di S. Francesco, in origine ambiente unico, ora divisa in due vani: uno contiene il letto di pietra su cui dormiva il santo; nell'altro, alla parete destra si vede un masso su cui probabilmente Francesco sedeva per meditare e pregare. Per una porticina si esce all'aperto: sul muro che chiude la grotta, uno sbiadito affresco trecentesco raffigura il tradizionale episodio della predica agli uccelli. Vicino è il muro, costruito nel 1609 dal cardinale Montalto, che copre un crepaccio chiamato «buco del diavolo», in cui secondo una leggenda tardiva sarebbe precipitato il demonio, sconfitto dalle preghiere di san Francesco. Accanto si trova anche il «fosso secco», alle cui acque il santo avrebbe chiesto di non disturbare col loro scroscio le preghiere dei frati. Una rampa conduce a un ponte, al cui termine è un bronzo con S. Francesco che libera le tortorelle, opera di Vincenzo Rosignoli; inizia qui il cosiddetto «viale di S. Francesco», suggestiva passeggiata nella selva dove altri luoghi di devozione sono inseriti in un contesto ambientale di notevole pregio. Tra questi, la grotta del beato Leone, le grotte del beato Bernardo da Quintavalle, del beato Egidio, del beato Silvestro, del beato Andrea da Spello. Nella cappella di S. Maria Maddalena è sepolto dal 1477 il beato Barnaba Manassei, ideatore e fondatore dei Monti di Pietà (Perugia 1462).