Priorato benedettino documentato dal 1030, la chiesa campestre di S. Damiano passò poi alla mensa di S. Rufino e, al principio del '200, come racconta Tommaso da Celano, era «quasi diruta e da tutti abbandonata». Qui, secondo le biografie di san Francesco, nel 1205 il Crocifisso (ora nella basilica di S. Chiara) parlò al santo («Francesco, va' e ripara la mia casa che, come vedi, va tutta in rovina»), confermandolo nella sua vocazione. Il primo restauro della chiesa fu dunque quello eseguito da Francesco, che nel 1212 vi accolse santa Chiara con le prime compagne. L'edificio ecclesiale fu ristrutturato dalle Damianite, che vi costruirono il dormitorio. San Francesco vi soggiornò più volte e, nel 1224-25, vi compose il Cantico delle Creature. Dopo la morte di santa Chiara, le compagne cedettero il convento al capitolo della Catterale (1260) in cambio di S.Giorgio, trasferendosi in città. Soppresso nel 1860, nel 1879 il complesso tornò ai Minori Osservanti, ai quali è stato definitivamente donato nel 1983. La rustica facciata della chiesa è preceduta da un portico, sotto il quale si apre la cappella di S. Girolamo, decorata da affreschi di Tiberio d'Assisi (1517) e bottega. L’interno della chiesa è ha a una navata, con volta leggermente ogivale e coro profondo. Durante i lavori di restauro (1995-97) sono stati messi in luce importanti strutture preesistenti, che testimoniano una continuità d'uso dall'epoca romana. Subito a destra, la finestrella dalla quale si tramanda che il giovane Francesco, in spregio alla ricchezza, gettò i denari rifiutati dal prete di S. Damiano per il restauro della chiesa: l'episodio è ricordato da un ignoto frescante del '300. All'altare maggiore, copia del Crocifisso che parlò a san Francesco (l'originale è conservato in S. Chiara); nel catino dell'abside, Madonna col Bambino, S. Damiano e S. Rufino, con molte ridipinture, di un maestro umbro degli inizi del secolo XIV, e coro ligneo del 1504. In sagrestia, all'altare, Crocifissione, affresco di Pier Antonio Mezzastris (1482); a sinistra un piccolo vano nel quale, secondo la tradizione, si rifugiò Francesco inseguito dal padre. Da una scaletta si esce nel giardinetto di S. Chiara, piccolissima terrazza con vista su parte della pianura. Ripresa la scaletta, si è subito all'oratorio di S. Chiara, una cameretta con absidiola affrescata nel '300. Una croce su un muro dei dormitori delle monache indica il luogo dove morì santa Chiara (11 agosto 1253). Si scende nel chiostro e si passa quindi nel *refettorio rettangolare, a volte basse, simile a una cripta, con banchi e tavoli originali: alle pareti, Il Crocifisso parla a S. Francesco (si vuole che il miracolo sia avvenuto in questo refettorio), affreschi attribuibili alla bottega di Cesare Sermei. Negli ambienti di clausura sono conservate le reliquie della santa e una *Madonna col Bambino, importante tavola di un maestro umbro protogiottesco.