Testimonianza del valore artistico della città, la chiesa trecentesca, ricchissima di affreschi dovuti ad artisti umbri dei sec. XIV-XVI, fu trasformata già nel 1890 in Museo civico, per accogliere anche le numerose donazioni alla città. Nell'
interno si possono ammirare affreschi* di Benozzo Gozzoli (1452) alla 1ª cappella a destra; Crocifisso di anonimo artista umbro (sec. XIII-XIV) che si ispira a modelli giotteschi nella 3ª; altri bellissimi affreschi (
Storie di S. Francesco*) ancora di Benozzo Gozzoli (1452) nell'abside centrale. Alla parete sinistra, nella quale si apre la cappella Bontadosi (1589), con arredi originali e dipinti cinquecenteschi, nicchia di S. Andrea, affrescata da Tiberio d'Assisi (1510), e grande edicola con affreschi del Perugino (Annunciazione, Padre Eterno, Presepe*). Nei locali annessi, la
Pinacoteca conserva dipinti di artisti (soprattutto umbri), dei sec. XIII-XVII (Francesco Melanzio, Antoniazzo Romano, bottega di Melozzo da Forlì, cerchia di Niccolò di Liberatore). Nei sotterranei e nella cripta,
museo lapidario, con materiale romano, paleocristiano e medievale proveniente dal territorio.