La basilica sorse tra il 1569 e il 1679 inglobando l'insieme delle strutture del conventino francescano sorte a ridosso della Porziuncola, toponimo che almeno dal 1045 individuava la zona al piede della città; come racconta Bonaventura da Bagnoregio nella Legenda maior, Francesco lo scelse a sua dimora perché «in quel luogo erano frequenti le visite degli spiriti celesti». Ancora san Bonaventura informa che questo luogo fu dal santo amato più di ogni altro, tanto che vi scelse di morire. Culla del francescanesimo, la Porziuncola fu sempre luogo tra i più sacri della devozione francescana, tanto che Pio V, a conclusione del concilio di Trento, decise la costruzione della grandiosa basilica al fine di dare adeguata accoglienza alle moltitudini di pellegrini che tuttora vi accorrono in occasione della solennità dell'indulgenza del Perdono (31 luglio-2 agosto), voluta dallo stesso Francesco. La chiesa, a tre navate, con transetto non sporgente, cupola all'incrocio e abside semicircolare, fu progettata da Galeazzo Alessi; venne compiuta nel 1679 con la costruzione del campanile destro (incompiuto il sinistro). Dai terremoti del 1832 si sono salvate la cupola, l'abside (sotto questa, le fondazioni delle strutture del XIII-XIV secolo) e le cappelle laterali. L'edificio fu ricostruito da Luigi Poletti (1836-40) nelle medesime forme, mentre la facciata, venne alzata nel 1925-30. L'alta e slanciata cupola dell'Alessi, cerchiata dopo il 1832, emerge nella piana assisiate da qualunque punto di osservazione. L’interno è a tre alte navate con cappelle riccamente decorate, che ospitano la più organica raccolta di pittura umbra del tardo Cinquecento e del primo Seicento. Nella navata centrale si trova la *cappella della Porziuncola, dove attorno al 1205 Francesco stabilì la sua dimora, restaurandola e fondando l'Ordine francescano (1208); è una costruzione rettangolare, semplice e rozza, in sasso policromo del Subasio. Nel fianco destro si vedono i resti di due affreschi del '400 d'influsso senese; un'unica iscrizione ricorda che vi fu sepolto il beato Pietro di Catanio (m. 1221), secondo compagno di san Francesco. Nella parte posteriore, il Calvario (di cui è perduta la parte superiore), affresco del Perugino. L'interno a volta ogivale, annerito dal fumo delle lampade, è affrescato da Ilario da Viterbo (1393). Al principio del presbiterio si apre la *Cappella del Transito, cella dell'infermeria nella quale Francesco morì la sera del 3 ottobre 1226; all’interno, sopra l'altare trecentesco, in una nicchia, *statua di S. Francesco, terracotta smaltata di Andrea della Robbia. Sotto l’altare maggiore si trova la cripta, con magnifico *dossale d'altare in terracotta di Andrea della Robbia, contenente sei scene francescane. Tra gli ambienti del convento, da notare la *cappella del Roseto, ornata di affreschi (1518) di Tiberio d'Assisi, e il *conventino dell'epoca di Bernardino da Siena (sec. XV), recentemente restaurato, adibito a mostre temporanee.