A destra del Duomo fu innalzata, tra la fine del X secolo e gli inizi del XII, la residenza episcopale, ristrutturata nella seconda metà di quel secolo con la costruzione, su parte della corte vescovile, della Sagrestia per il servizio liturgico della contigua cappella di S. Jacopo, dove era venerata la reliquia del santo patrono.Il complesso, evolutosi da struttura di carattere fortificato ad architettura civile, ampliato verso nord e sopraelevato nel '300, fu sede vescovile fino al 1786, quindi venduto a privati e gravemente manomesso. Importante testimonianza dell'architettura civile del medioevo pistoiese, è edificio di origine trecentesca a bifore e loggia, alterato in epoche successive. L'itinerario di visita include: il Percorso archeologico attrezzato, che dà conto delle antiche origini di Pistoia documentando l'assetto topografico dell'area urbana anche con esposizione di reperti numismatici e cippi funerari etruschi; e il Museo capitolare di San Zeno, che conserva il Tesoro dell'Opera di S. Jacopo (argenterie e manufatti preziosi) in cui spicca il reliquiario del Santo (1407) di bottega del Ghiberti.