Allestita nel palazzo dell'Accademia progettato da Simone Elia (1805-1810), la pinacoteca ha origine nel 1796 dal legato del conte Giacomo Carrara cui, dall'inizio dell'Ottocento, si sono succeduti numerosi altri lasciti privati che hanno incrementato le raccolte. Organismo museale di particolare rilevanza, la pinacoteca ospita circa 1.700 opere di pittori italiani e stranieri dal XIV al XIX secolo, in particolare di scuola bergamasca, lombarda e veneta, con interessanti nuclei di opere toscane e fiamminghe. Si segnalano, tra i tanti capolavori esposti secondo un ordine storico-cronologico, le opere di Bonifacio Bembo, Sandro Botticelli, Pisanello, Andrea Mantegna, Giovanni Bellini, Carpaccio, Lorenzo Lotto, Tiziano, Tintoretto, Giambattista Moroni, Fra Galgario, Francesco Guardi, Canaletto. Inoltre una cinquantina di sculture donate da Federico Zeri, disegni, stampe, miniature, bronzetti e placchette, medaglie, ceramiche e porcellane, cammei, vetri e armi. Di recente apertura alcune sale dell'Ottocento, un tempo adibite a segreteria, con opere di Pellizza da Volpedo, Piccio, Cesare Tallone e vari esponenti della pittura lombarda e veneta