Allestito negli antichi chiostri restaurati del convento dei frati Eremitani, accoglie le raccolte provenienti dal vecchio Museo del Santo. Nel suo complesso sono confluiti infatti il Museo archeologico, il Museo d'Arte medievale e moderna e il Museo Bottacin, quest’ultimo recentemente trasferito nel vicino palazzo Zuckermann. Alla parte museale propriamente detta va aggiunta la Cappella degli Scrovegni, con i celebri affreschi di Giotto, nella vicina area dell'arena romana. La sezione archeologica presenta materiale preromano e romano, egizio, etrusco e paleocristiano. Notevoli gli 88 pezzi, tra cui bellissimi candelabri, della tomba dei Vasi borchiati (700 a.C.), e vari reperti romani quali la testa di Augusto (I secolo), il busto di Sileno (II secolo a.C.), il monumento di Claudia Toreuma (liberta di Tiberio), l'edicola sepolcrale dei Volumnii, d'età augustea. La pinacoteca offre una panoramica della pittura veneta fra Trecento e Novecento e presenta importanti opere di Giotto (Cristo in croce, dalla Cappella degli Scrovegni), Tintoretto (Cena in casa di Simone), Veronese (Martirio dei Ss. Primo e Feliciano), e la pala d’altare (S. Giustina, 1514) opera di Girolamo da Romano detto Romanino, tornata al suo splendore dopo il recente restauro. La pala rappresenta, insieme con il Crocifisso di Giotto, il dipinto più celebre della pinacoteca, anche per le notevoli dimensioni dell'opera: quasi sette metri di altezza e oltre tre metri e mezzo di larghezza, per un totale di ben dodici tavole. Al nucleo della quadreria Emo Capodilista appartengono 543 dipinti veneti e fiamminghi tra i quali opere di Giorgione (Leda e il Cigno), Tiziano (Scene mitologiche) e Giovanni Bellini (Giovane senatore)